但是，朱元璋设计得再理想，他也预料不到日后的变化。1449年，明朝第六代皇帝明英宗御驾亲征，带领京营二十多万精锐去讨伐入侵的瓦剌军队。结果一不小心玩脱了，在土木堡被瓦剌军队打了个全军覆没，明英宗被俘，二十多万京营精锐一夜之间全部葬送。虽然此后京营又再次重建，历代明朝皇帝也多次对京营加以整顿，但其战斗力却再也恢复不到土木堡之变前的水平了。1550年，鞑靼的俺答汗率数万蒙古铁骑突破长城防线，一直打到北京城下，号称十几万的京营明军躲在高大的北京城墙后面，任凭鞑靼军在北京城外肆意烧杀抢掠了十天，竟无一人敢出城交战。到了明末，京营更是一塌糊涂，军纪败坏，训练缺乏。无论是对八旗铁骑还是起义的农民军，明朝朝廷都根本不敢派出这支毫无战斗力的军队。最后当李自成兵临北京城下的时候，京营十万大军，几乎一仗没打就全部投降了。
国外绘制的庚戌之变中鞑靼骑兵攻击居庸关的场面
作为明军精锐禁军的京营为什么会衰败到这种程度呢？这和明朝的卫所制度的衰败有着直接关系。京营本来就是从全国的卫所军户中选拔的精兵所组成，各地的卫所能不能给京营提供源源不断的精兵，这是京营能否保持战斗力的关键所在。然而，明朝卫所制度从永乐年间达到巅峰之后，就开始因为种种弊病走上了下坡路。卫所制度的第一个弊病，就是军户农民性质多过军人性质，战斗力完全得不到保障。按朱元璋的设计，军户主要工作是种地，所谓"二分守城，八分屯种"，真正军事训练的时间很有限。而明朝自永乐之后，内地长期承平，没有战事，军户基本上一年到头都在种地，几乎没有啥军事训练，这就跟农民没啥两样了。所以到了嘉靖年间，倭寇肆虐东南沿海的时候，东南地区的卫所兵简直不堪一击，甚至创造了让五十三个倭寇从浙江登陆，一路杀到南京城下，沿途杀伤明军官兵数千人的耻辱记录。
《抗倭图卷》局部，图中可见明朝卫所兵只有一身号衣，武器颇为简陋
卫所制的第二个弊病，就是军户地位极端低下，毫无尊严。按明朝制度，一旦成为军户，就要世世代代在卫所当军户。在卫所里，军官都是世袭的，军户毫无上升空间。而卫所军官的世袭制，又使他们在卫所里成了实际上的"土皇帝"，对军户们可以任意役使，任意支配，不但强迫军户为他们提供各种无偿劳动，还要侵夺国家分配给军户的土地为私产。这些土地为军官们占有之后，军户除了能留一点糊口的收成外，其余全部归军官所有，甚至一文钱租税也不用向国家交。如此一来，军户实际上成了卫所军官们的农奴，陷入了极其悲惨的境地。因为无法生活，军户们只好全家逃亡他乡，成为流民。据明朝自己的统计，仅在明英宗时期，"逃故军士一百二十万有奇。"几乎占了明军总兵力的一半。军户地位如此低下，境遇如此悲惨，想指望他们上阵奋勇杀敌，那只能是痴人说梦了。
