但有时，太后的懿旨并不只是针对后宫，还有可能直接干涉朝政。这时皇帝可能只是一个皇权的象征，真正的决定权在太后手上。就像历史上著名的吕后，武后，还有慈禧太后，她们对政事都有绝对的话语权，武后最后甚至直接称帝，足以看出她当时的威望。还有一种情况是在一些突发的事件下，例如新君未立或皇帝年幼，只能由太后暂时做主，通过懿旨来下达旨意。所以在这些情况下，圣旨都可能失效，但还有所不同。
在第一种情况下，皇帝只是礼节性避让，一旦决定下旨，懿旨肯定还是要服从圣旨。而第二种情况，朝政基本被太后把持，大臣们自然会执行懿旨。最后一种则是无奈之举，没有皇帝或者皇帝没有独立思考和判断能力，因此只能依靠太后的懿旨来做重大决定。
