1281年，忽必烈在澎湖地区设置澎湖巡检司，隶属于元朝福建行省泉州府，主官为澎湖巡检。明朝继承这一政策。
但是1384年，因为实施海禁政策，明太祖朱元璋废除澎湖巡检司，明军退出澎湖。1563年，考量到沿海治安等因素，恢复澎湖巡检司。但是此时的明军已经开始走下坡路，在西方殖民者纷至沓来时，明朝没有能力维护海疆。1622年，荷兰人占领澎湖，1624年，郑芝龙收复澎湖。
元朝时期，中央政府并未实际控制宝岛，但是影响力已经覆盖。而明朝时期，多数时间中央政府并未影响到该地区。
至于新疆地区，元朝时期就隶属于窝阔台汗国和察合台汗国，不属于元朝的区域。不属于明朝没有收复的区域，而实际上明朝也没有能够收复。
四大汗国和元朝没有隶属关系，当然和明朝也没有关系。
