1880年4月，左宗棠开始部署军队，准备以刘锦棠步骑万人出乌什，张曜所部七千人从阿克苏分两路直取伊犁，金顺所部万余人扼守晶河，备俄军东犯乌鲁木齐，他表示:"衰年报国，心力交瘁，亦复何暇顾及"。5月底，左宗棠以六十九岁的高龄，带病的身躯，冒着盛夏的酷热舆榇出关，誓与沙俄决一死战。
清军分两路南进。刘锦棠率主力由乌鲁木齐攻达坂城;张曜、徐占彪分出哈密和巴里坤,会师盐池后协攻吐鲁番。初三夜,刘锦棠率万人进围达坂,以一部兵力阻敌援军,亲率主力昼夜攻城,初六破城，毙俘守军3000余人。十一日,刘锦棠分兵6营助攻吐鲁番，自率骑兵14营进击托克逊，托城敌酋海古拉(阿古柏次子)闻风窜逃，部众2万余人于十三日投降。同日,东路清军克吐鲁番。
至此，清军打开了南疆门户，军事上已成破竹之势。阿古柏见三城失守，气急暴病而死（有说服毒自杀，有说被人毒死）,其长子伯克·胡里继位,令白彦虎防守喀喇沙尔（今焉耆）、库尔勒等地，抗阻清军。八月，清军继续南进，连克喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什等城。这时，喀什噶尔守将谋划反正，刘锦棠得讯即分兵急进，十一月十三克喀什噶尔(今喀什)。月底，南疆各城全部收复。伯克·胡里、白彦虎逃往俄境。
随后，左宗棠积极部署进军伊犁。沙俄慑于清军威力，在清廷多次交涉下，于七年同意归还伊犁地区。至此，粉碎了英、俄吞并新疆的阴谋。功在千秋啊
