在朱厚照支持下，刘瑾控制了朝政。他首先严厉打击反对他的官僚。韩文革职，要求刘健、谢迁留任的官僚被廷杖。刘瑾利用东、西厂侦伺和检举官僚的行动，使人人自危。正德二年三月，刘瑾召集群臣跪在金水桥外，公布了一则惊人的消息：刘健等五十多人是奸党，一律罢免。第二年，因在朝中发现反对刘瑾的匿名书信，又令百官跪于奉天门逮捕三百余人下狱。经过一系列打击，没有人再敢公开和他对抗。但是，也正因为打击了不少有名望的清正之臣，使他更不得人心。
不但外廷官僚在被打击、监视之下，刘瑾对中官也不信任。正德三年十月，刘瑾设立内办事厂，又叫内行厂，专门监视宫中。内行厂用刑严酷，宦官和宫女犯了过错，很难保全。
此时的刘瑾不再满足于为皇帝敛财，他自己对白银的索求也是很贪婪的。他规定，地方官员入朝觐见，每布政司纳银2万两，使纳贿制度化。有的官员因贿金筹措不起，畏惧自杀，可见刘的凶焰到了何等程度。
