吴三桂从进入云贵地区到康熙年间，基本一直在招抚流民，开垦荒地，恢复生产。明末清初的战乱，让很多土地都大片荒芜。而中国的传统社会又是以农业为主，开荒种地，不仅可以稳定社会人心，恢复社会发展，也能保证地方赋税的基本来源。
吴三桂对此极为重视，云贵地区组织开荒的力度也非常大。仅是康熙三年，云南就开垦荒地1459顷，贵州各州府和卫所开垦荒地1200多亩。
除了农业，吴三桂还组织人手进行铜矿开采。在整个明清时期，云贵地区都是重要的产铜地。云贵地区矿业的开采，对于清朝初年的整个社会的经济恢复，起到重要作用。顺治初期，因为缺少铜的原料，导致铜钱价格极高。康熙二年，吴三桂曾上书朝廷，希望能在云贵地区铸造康熙样式的新钱，并得到同意。
