当吴三桂进入云贵地区后，在朝廷认可后，挟军威废除当地土司，改设官员。这个做法，为后来吴三桂在云贵地区扎根，打下很好的基础。只有这样做，吴三桂才能进行驻军，清查土地人口，征收赋税，兴办学校，做推行教化的措施。
由于后来云贵地区的官员任免，基本掌握在吴三桂手中。所以这一政策，实际上是让吴三桂更好将权力渗透进云贵地区中。在南明军队和土司力量被基本肃清后，吴三桂开始加快对云贵地区的社会恢复。在此之前，由于连年战乱，云贵地区出现土地荒芜，物价高涨的情况。
这些措施，让吴三桂在云贵地区的根基极为牢固。也为后来吴三桂发动三藩之乱，打下极好的物质基础。
