然而，导致他最终决定斩杀毛文龙的导火索，应该是这一件事。袁崇焕下令让毛文龙去攻击后金收复失地，却被拒绝了，这让他极度失望。袁崇焕接管东江饷，在朝廷力挺毛文龙的根本原因，是寄希望其协助实施五年复辽计划。而崇祯年间的毛文龙无意抗金，最终让袁崇焕萌生杀意。最终袁崇焕一十二条罪，矫诏斩杀毛文龙。袁崇焕在杀他前说："你有十二条该斩头的大罪，知道吗？按我朝祖宗定下来的制度，大将领兵在外，必须接受文官的监视。你在这边一人专制，军马钱粮都不接受核查，一该杀。大臣的罪没有比欺骗君主更大的，你送上奏章全都蒙骗，杀害投降的士兵和难民，假冒战功，二该杀。大臣没有自己的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀。每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮，四该杀。擅自在皮岛开设马市，私自和外国人来往，五该杀。部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带，六该杀。从宁远返回途中，劫掠商船，自己做了盗贼，七该杀。强娶民间女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀。驱使难民远远去帮你盗窃人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀。用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀。铁山一战败北，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀。设镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌，十二该杀。"宣布完后，毛文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩头请免他一死。袁崇焕最后还是取下了他的首级。
袁崇焕斩毛文龙后，可说是为后金长驱南下解除了后顾之忧，三个月后就发生了后金兵临北京城下的"己巳之变"--后金约十万精兵绕道内蒙古，由喜峰口攻陷遵化，直迫明都北京。所以说毛文龙之死，加速了明王朝的灭亡。
参考文献：《袁崇焕传》阎崇年
