而这些东林党最多属于内部之争，对外明室有着更大的"安全隐患"，那就是在北方虎视眈眈的后金。在朱由校刚即位时，努尔哈赤率军攻陷了沈阳，明总兵尤世功、贺世贤都战死。后来去援助辽东战事的军队，和后金军在浑河大战，但全军覆没。之后，努尔哈赤攻取了明朝辽东重镇辽阳，经略袁应泰自杀。
《明史》记载：三月乙卯，大清兵取沈阳，总兵官尤世功、贺世贤战死。总兵官陈策、童仲揆、戚金、张名世帅诸将援辽，战于浑河，皆败没。壬戌，大清兵取辽阳，经略袁应泰等死之。巡按御史张铨被执，不屈死。
可以看出，后金的异军突起，靠着骁勇善战的铁骑，打得明室的军队节节败退。兵败辽东的熊廷弼与东林党关系甚密，魏忠贤借着打压东林党的势头，直接取了他的性命，并且传首九边。虽然这个手段过于极端，并且也存在着较大的争议，但熊廷弼战败是事实，而魏忠贤任命袁崇焕守宁远也是事实。
