朱元璋为了对付倭寇，曾经派遣使者出使日本，但是"不得要领"。于是朱元璋不断加强海防建设，但"不得要领"。于是明朝政府便大力加强海防，筑城列寨，增置卫所，添造战船，增派戍兵。当时从辽东到广东沿海共设置了50多卫，计有士兵20余万。沿海卫所，每白户有一条战船，一个卫拥有50战船。由于海防加强，在洪武年间，倭寇烧杀抢掠的事情时有发生，但是规模不大。朱元璋为了避免沿海居民和海盗、倭寇等勾结，制定了"海禁"政策，禁止了民间贸易，甚至不允许出海捕鱼。
驻守沿海的军队
永乐年间，明成祖放宽了海禁政策，并且和日本幕府建立了商业交往，日本足利幕府也愿意和明朝一起对付"倭寇"。明成祖时期，对倭寇的战争取得许多重大的胜利。如1419年，辽东总兵官都督刘江在望海涡全歼倭寇船只31艘，斩首千余人，自此之后很长一段时间没有了大规模的倭寇侵犯，倭寇的入侵有所减少。从永乐元年（1403年）到宣德十年（1435年），历史记载的倭寇入侵共有34次。从正统元年（1436）到正德十六年（1521年）的86年间，历史记载的倭寇侵犯次数为22次，平均4年侵犯一次，已经比洪武年间大为缓和。
