到了嘉靖年间，中国的沿海的海盗势力已经发展壮大，出现了汪直、徐海、陈东、叶明等著名的海盗，这些海盗基本都和传统的"倭寇"有勾结，并且其大本营就在日本。因此，明朝官方一律称为"倭寇"。如其中的汪直，出身于商人家庭，最开始是经营海带走私贸易，其贸易对象涉及日本、东南亚和西洋。后来他加入了徐栋海盗集团，在徐栋死后成为了该集团的头目。汪直的武装商人规模十分庞大，为集"巨舰联舫"，能够容纳2000人，装备有佛郎机大炮等先进武器。他控制了整个东海地区的走私贸易，"三十六岛之夷，皆听其指使"。他经常派遣徐海、陈东、萧显、麻叶等勾结倭寇入掠。
同时，此时的日本国内形势也开始发生了变化，倭寇又重新猖獗起来。1467年，日本重新分裂，进入了"战国时代"。在战国时代，日本大名割据，幕府的统治名存实亡。此时日本幕府对明朝的贸易权也转移到了这些大名的手中。嘉靖二年（1523年），日本细川氏和大内氏因为争夺和明朝的贸易权，引发了"争贡之役"，其大内氏的使团首领宗设谦道在宁波一带大肆杀掠，最终扬长而去。这件事直接激怒了嘉靖皇帝，他宣布废除了市舶司，海禁政策进一步加强了。而中国和日本的朝贡贸易在宣告中断了。朝贡渠道的堵塞，更是加重了日本武装商人的走私、劫掠等活动。由于幕府已经名存实亡，失去了对这些武装商人的约束，因而此时的倭患又严重起来。
不过该时期的倭寇势力，已经变成了中国海盗为主，日本倭寇势力为辅。中国海盗头目成为了这些"倭寇"的领袖，海盗的人数也占据了"倭寇"的一半以上。嘉靖三十二年（1553年）汪直勾结倭寇大举侵犯沿海，"滨海数千里，同时告警"。嘉靖三十三年（1554年），倭寇这些海盗和倭寇在昆山"分掠村镇，杀人万计"，"烧房屋二万余间"，"各乡村落凡三百五十里，境内房屋十去八九，男妇十失四五"。此时倭寇入侵的频率和规模已经达到了最严重的时候，有时候一年倭寇就要入侵10多次，根据统计，从嘉靖三十一年到嘉靖三十六年的五年间，有记载的倭寇侵犯就有169次，侵犯人数可以达到了几千甚至几万。
