此后葡萄牙人获得了在澳门的居住权，而明朝在得到对方"代守疆土、永世恭顺"的保证后，也默许了葡萄牙对澳门的管理。此后葡萄牙果然信守承诺，不仅年年纳税，而且帮助明朝抗击了英国、荷兰的武装入侵，这也使得明廷对葡萄牙更为信任。时间转眼到明末，大明早已经是风雨飘摇，当吴三桂献出山海关之后，大清入主中原的趋势已然不可逆转。
尽管清朝有着更加强悍的军事实力，但并不代表有更系统的国际观念。在清人眼中，外夷在沿海孤岛上建立的居留点和土匪在大山里建的山寨没什么区别，而且这些外夷遵守王法、年年纳税，比起那些对朝廷不恭的山贼强太多了。既然如此，朝廷何必急着收回这片弹丸之地呢？
再者，尽管澳门被葡萄牙占据，但清朝并非完全没有对澳门事务进行管理的权力。作为最早的"通商口岸"，澳门发挥着大清了解世界的"窗口"作用，所有这些都决定了清朝不会急于收复澳门。不过这样的情况延续到1887年就有了不一样的性质，因为此时清朝已经危若累卵，包括葡萄牙在内的欧洲列强无不设想从大清身上榨取利益。
1887年12月，葡萄牙强迫大清签订《中葡和好通商条约》，自此清朝从法律上失去了对澳门的控制权。直到1999年12月20日，澳门再次回到祖国的怀抱，此时距离明嘉靖三十二年已经过去了整整446年。
