后来明朝出现了不少的党派，其中很多党派都是南方省份的官员组成的，虽然明朝的首都一直都在北京，但南方对国家是非常关键的。明朝在行政区划分的时候，主要是依靠着山川河流，可有些省份，就有着一些不太合理的地方，主要还是挨着南北直隶的一些省份，有不少的好地方，属于周边省份应该更好一些。
可南京北京特殊的地位，会划走一些好的地方也是很正常的，这对周边的不少省份就会产生一些大的影响。明朝大部分的行政制度，随着时间的流逝，也会出现一些大的问题，比如像卫所这类的制度，就渐渐腐坏，地方的军政败坏，刚刚传了几代皇帝，国内就已经出现了极大的隐患。
明朝后来经常会设置一些巡抚，总督，利用这些官职，让行省这些行政区能得到更加有效的管理，通常很多的省份，里面的权力过于分散，即便是一省的高官，也没有办法掌握大部分的权力，他们在应对很多突发事件的时候，就没有办法有效处理，明朝政府在应对大灾情的时候，更多都会选择让中央的官员来处理，临时用巡抚这类的人，专门去处理各类大事，不过这些官员大部分都是临时委任。
