在连年的征战中，朱元璋逐渐意识到稳固政权仅凭战争是不够的，还需制定一套行之有效的治国方针以及对应的法律和制度。
想要让子孙后代长久统治，君主集权是必不可少的。在吸纳了前朝教训后，朱元璋废除了丞相的制度，将权力分散到六部中，而六部官员又直接听从皇帝的指挥。为了避免司法机构"一家独大"，朱元璋命大理寺、刑部、都察院三个部门分管司法。
在常年的战争中，中原各地百废待兴，朱元璋借鉴历史上统治者们的做法，推行各种政策使中华大地休养生息。先使鼓励百姓拓种荒地，还制定了军民商三种屯田制度，在全国各地大兴水利，推广麻、棉等经济型作物，在保障了农业发展的同时，使经济发展迅速回到正轨。
并且，他要求节俭自己以身作则，在历代皇帝中也堪称登峰造极。称帝后，在应天修建宫室，只求坚固耐用，不求奇巧华丽，还让人在墙上画了许多历史故事，以提醒自己。朱元璋每天早饭，"只用蔬菜，外加一道豆腐"。他所用的床，并无金龙在上，"与中人之家卧榻无异"。
