这场叛乱由王象春家人激起，王象春和他儿子都死于这场叛乱，吴桥也遭到叛军洗劫。莱州城更惨烈"残破几三百里，杀人盈十余万，"很多胶东的村落被毁，城市被破坏。
孔有德等人投降后金，使后金实力大增。据史料记载："本帅现有甲兵数万，轻舟百余，大炮、火器俱全。有此武器，更与明汗同心协力，水陆并进，势如破竹，天下有谁敢与汗为敌乎？"?孔有德给后金带去了战船百艘，还有一万多人，战将一百多人，精锐部队近四千人，而且都是作战经验极为丰富的精锐中精锐。这使后金实力迅速增强，在后续的战斗中明军更难对付。
吴桥兵变让孔有德、耿仲明、吴三桂、尚可喜等人，都成了清朝的高官，而且手握重兵。虽然打败了明朝，但也成为清朝后患。这就是清朝后来的"三藩之乱"。
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