造成席卷一省内乱
孔有德等人迅速率兵从吴桥再反回来，而且孔有德的兵力比造反前更有战斗力，迅速攻下临邑、商河、德平、青城、新城等县。这场叛乱迅速在山东展开。由于山东是双巡抚制，除了孙元化以外，还有巡抚余大成。
但孙元化与余大成，主张大敌当前，以安抚为主，朝廷也有大臣认为可以招安孔有德等人，因为地方部队根本打不过这些叛乱者。但天津总兵王洪、济南沈廷谕、陶廷鑨则率军抗击叛军，但都失败了。
孔有德也知道自己这点人要想与官府打肯定吃亏，所以孔有德以诈降的方式，居然再次攻下几座城澉。当孔有德派人攻打到登州城，孙元化只得派张涛在城外驻扎，总兵张可大守城抗击。但张涛是毛文龙旧将，一开战就有一半人投靠了孔有德。孔有德仍然以诈降方式欺骗孙元化，再让张涛混入城中做内应。但此时登州城中早已有了内应耿仲明。很快登州府被陷，总兵张可大自杀，孙元化想自杀时被救下。其实孔有德对孙元化很感谢，就放了孙元化等人。明朝后来抓捕了孙元化、余大成，再派徐从治为山东巡抚，谢琏为登莱巡抚，继续打击孔有德。
