孔有德打下登州府时，他认为有立足之地，进可攻，退可以到辽东诸岛。因此他自称大元帅，并派人与辽东各岛民众联系，扩大了实力。孔有德甚至要攻打黄县与掖县，但此时明朝却加强了抗击力量，崇祯皇帝甚至调来的给夷大炮6门打击孔有德等人。一个月后，孔有德再以诈降方式，谢琏真就信了孔有德，派朱万年去招降，但被孔有德所杀，不久谢琏也被杀。明朝认为招抚方式不可行，调来强兵关宁铁骑。八月，明军大败了孔有德等人，眼看城守不住了，李九成也战死，孔有德几次突围没成功，于是乘船从海上逃走，耿仲明也随后逃跑。孔有德、耿仲明后来逃到辽东海岸后，上岸就投降了后金。
兵变助长后金实力
因为袁崇焕杀了毛文龙，引发毛文龙手下人不服。又因为吴桥的豪门大族不放粮，使明军吃了王象春家的鸡狗，引发"吴桥兵变"，进而引发叛乱。这场叛乱，给山东等地造成了严重破坏。很多明军官员和将领被杀，有的官员被治罪，本来就已经虚弱的明朝再次遭受打击。
