几年后，孙恩卷土重来，再次攻下了当时东晋的管辖区会稽郡，卫将军谢琰被杀，临危受命的刘牢之带领着大军东征，这一次，身先士卒的刘裕开始绽放他的光芒，用他惊人的军事能力，打败了孙恩三次，一路追击孙恩的部队，这三次惊人的胜利都是以少胜多的传奇战斗，这几战，让刘裕立下赫赫战功，一路南下的刘裕苦苦追击孙恩，最终逼迫着祸乱三年的孙恩跳江自尽，但是一波未平一波又起，当时的东晋为了讨伐孙恩，投资了大量的国力和财力，这个时候京城的病例空虚，这个时候东晋军头恒玄乘机而发，入京把握朝政，取代东晋建立了“恒楚政权”，这个时候刘裕假装臣服，与恒玄的一番真真假假之后同时聚集了北府兵进行再一次起义，当时有很多官兵都曾是刘裕的得力干将，在当时声望震天的刘裕势如破竹，仿佛一切水到渠成，迫使恒玄逃离京城，一年后，刘裕收复了江陵，率军迎回了晋安皇帝，这个时候的刘裕的势力可谓是一步登天，无人可以睥睨。
曾经有一个十分渴望拥有功勋的伟大诗人给过刘裕这样的评价：“斜阳草树，寻常巷陌，人道寄奴曾住”，在当时，可谓是一人得道鸡犬升天，哪个普通的街道就因为刘裕的居住，也开始变得不同凡响。
