这个案子已经拖了半年，曾国藩态度消极，朝廷决定不能再拖了。要有个公允的判决，究竟有无幕后主人，案子到了该终止的时候了。
朝廷派刑部尚书郑敦谨前往江宁火速判案。刑部尚书类似最高法院院长一职，这个郑敦谨虽是湖南人，却不是湘军人脉，道光十五年进士，参与过剿灭捻军的行动，是一个能文能武的角色。重要的是郑敦谨也是慈禧信得过的大员。
1871年除夕，郑敦谨抵达江宁，正月初七，便开始对刺客张汶祥进行审问，终究还是之前结果，并无新意。
1871年3月19日，郑敦谨决定结案。
凶犯张汶详曾从发捻，复通浙江海盗，因马新贻前在浙抚任内，戮伊伙党甚多。又因伊妻罗氏为吴炳燮诱逃，呈控未准审理；其在新市镇私开小押，适当马新贻出示禁止之时，心怀愤恨，竟敢乘间刺害总督大员，实属罪大恶极。既据郑敦谨等审讯确实，验明凶器亦无毒药，并无有另有主使之人。着即将张汶详凌迟处死，并于马新贻柩前摘心致祭，以彰国法而慰忠魂。
3 月26 日，朝廷接受。
4 月 4日，曾国藩奉旨监斩，将张文祥凌迟处死，并摘心致祭。郑敦谨回京路上，曾国藩长送渡江。郑敦谨并未回京，只差两个用人回京交代，自己称病愤然辞官。
其中究竟有何利害，世人多解读，实际上，郑敦谨可能真的生了病，因为两年后，他就因病去世了。
这件案子牵涉朝中、地方各种势力，细细一想，竟然把整个大清都装了进去，这个案子各方势力调动各种能量，打个平手。
案情复杂就复杂在简单，以至于简单到没人相信。对描述刺客张汶祥说过“养兵千日，用兵一时”的单方面回忆，竟然成了朝廷死抓不放的把柄。
真正可怜的是两江总督马新贻，冤死他乡，还要被世人侮辱。这件事发生一百多年后，由李连杰、刘德华、金城武主演的《投名状》仍旧是根据湘军势力改变的戏曲《刺马传》改编。
