在1516年和1517年之间，奥斯曼帝国与马木路克人进行了另一场战争。这场战争对奥斯曼帝国来说将是决定性的。在苏丹塞利姆一世指挥下，奥斯曼军队占领了阿勒颇，巴勒斯坦和最终开罗。这场战争结束了埃及的马穆鲁克王朝，并将大部分穆斯林世界带入了奥斯曼帝国的枷锁之下。
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尽管在埃及失去了他们的苏丹王国，但马木路克人仍然是该国政坛的强大力量。该脚垫实际上保留了马木路克身边并将其纳入奥斯曼军队。即使直到1798年，马穆鲁克的头目或军事酋长仍然控制着埃及。不过这次穆拉德贝伊必须回答奥斯曼的权威。
1798年，法国军事将领拿破仑将军率领他的军队进入埃及并占领了开罗。这一行动的目标是夺取对红海和埃及财富的控制权，为拿破仑在欧洲的军事行动提供资金。只有大约25,000马穆鲁克人为亚历山大和开罗进行辩护，并提出很少的抵抗。
