1571年，俺答大举进攻明朝后达成协议，俺答受明朝封为顺义王，恢复并发展了与明的封贡关系，土默特的中心地丰州滩"板升"被命名为归化城。他还远征瓦剌及甘、青、藏交界地区，将西藏佛教（黄帽派）传入蒙古，封其主锁南坚错为达赖喇嘛三世，达赖喇嘛之号自此始。
鞑靼大汗东迁后，在土蛮汗（即图们札萨克图汗，1558～1592年在位）时代曾一度强盛。
明末，努尔哈赤时，科尔沁部、扎鲁特部便在联姻之下归附了后金，林丹汗收服了右翼诸部，并得到漠北喀尔喀部的拥戴，力图重建统一。
1625~1634年鞑靼衰亡时期。
1625年，林丹汗出兵嫩江，攻打科尔沁部。后金出兵援助科尔沁，林丹汗退走。
