韦昌辉对洪秀全下诏责罚他心生不满，决定将计就计，趁东王旧部围观时，将其一网打尽。他与燕王秦日纲设下毒计，在鞭刑现场埋伏重兵，当傅学贤等人放下武器前往观看鞭刑时，韦昌辉突然下令，展开了大屠杀，这一次屠杀了近六千人，比在东王府的屠杀更为惨烈。被杀者的尸体被接连不断的投进秦淮河，然后漂流出江，以致河水都被染红。从9月20日开始，韦昌辉的这一次屠杀将近用时两个月，被屠杀的太平军将士有两万多人。
韦昌辉在诛杀了东王极其部属后，其政治野心已经不是洪秀全所能够控制的了，甚至开始直接挑战天王洪秀全了，他借口石达开逃进了天王府，洪秀全包庇石达开为由，率3000士兵将天王府包围，要洪秀全交出石达开，并扬言如果不交出石达开，就用火攻天王府。这已经是公开反叛了。
这时候的洪秀全英明了一次，趁韦昌辉没准备的情况下，突然率天王府的卫队冲出天王府，并高举翼王石达开的大旗。韦昌辉原以为石达开已经逃出天京，他找洪秀全要石达开，只不过是个借口而已，谁知道，突然见翼王大旗从天王府冲出来，他以为石达开真的率兵藏在天王府，一时之间，韦昌辉所部大乱。洪秀全的卫队趁机将韦昌辉部打的大败。
