韦昌辉的一位族兄因为与杨秀清的妾兄争房屋，被杨秀清交给韦昌辉处理，韦昌辉为了平息杨秀清的怒气，将自己的族兄处以五马分尸，但韦昌辉的内心对杨秀清已经是恨之入骨。
1856年，杨秀清的权力欲望更加膨胀，已不甘屈身做九千岁了，竟逼迫洪秀全封其为"万岁"。洪秀全无奈之下只得答应，并将正式禅封的日子定在杨秀清的生日那一天。暗中，洪秀全派心腹秘密调遣韦昌辉、石达开、秦日纲回天京靖难除杨。当时韦昌辉正在瑞州与湘军曾国华部作战。接到洪秀全的密诏后，韦昌辉大喜过望，终于迎来了自己报仇的机会。他立即带领3000亲兵，昼夜行船，与9月1日，抵达金陵。
韦昌辉在将东王府的众人杀光后，又开始在天京城内大街小巷捕杀杨秀清的部属和亲信。他还张贴告示，要求凡是杨秀清的属下，都要自首，敢窝藏者一律同罪，数日之内韦昌辉拘捕了一万多人。由于天京城有近三万人的太平军卫戍部队，而且城外还驻扎有太平军的大营，韦昌辉担心自己所带的兵力太少，就让燕王秦日纲派人到江苏句容搬取自己的援兵。
