当天夜里，韦昌辉率部神不知鬼不觉得由天京南门外登岸，悄悄叫开城门，迅速占领了各个要害地点，并切断了东王府与外界的联系。韦昌辉以有十万火急之事骗开东王府的门后，直奔东王住处，韦昌辉边走边下令："见一个杀一个，不留活口。"东王杨秀清全家和亲丁无一幸免，全部被韦昌辉杀死。杨秀清在被抓到韦昌辉面前时说："你我金田首义，你不能杀我。"韦昌辉假装无奈地说："你欲篡位，我奉二兄之令杀你。"说完将杨秀清杀死。
天王洪秀全对韦昌辉滥杀无辜，非常不满。但由于他自己手中控制的只有王宫卫队，根本不是韦昌辉的对手，所以也不敢下诏指责韦昌辉。但在东殿尚书傅学贤率天京的城防部队进行抵抗韦昌辉后，洪秀全觉得有了底气，就下诏对韦昌辉进行处罚，诏令说："杨秀清阴谋叛逆，乃自天泄露，其余党一概赦宥不问，韦昌辉、秦日纲杀人过多，特下诏惩罚其罪，令受鞭刑四百。"洪秀全为了安定人心，还让傅学贤等东王旧部到韦昌辉受刑现场观看。
按照最初洪秀全和韦昌辉、石达开的密议，这一次只诛杀杨秀清兄弟三人，不能将事情扩大化。但是在韦昌辉举起屠刀后，事情就不是洪秀全所能控制得了。当后来赶回的石达开责问韦昌辉"四兄其下何罪，何得尽戮？"韦昌辉说："我有二兄密诏，为国除害，名正言顺。"这时，韦昌辉已经有了将石达开除掉的打算，但是他知道石达开是从前线回来的，不知道他带了多少兵，所以未敢轻举妄动。石达开见韦昌辉已经杀红了眼，情知不妙，连夜逃出了天京。韦昌辉得知消息后，将石达开家族在天京城内的妇孺老幼全部杀死，并诬陷石达开降清，对其进行悬赏通缉。
刚刚还占据主动的韦昌辉，一瞬之间成了丧家之犬，躲藏起来准备逃命。洪秀全下令严守城门，每日对城内进行搜查，最终将韦昌辉擒获。洪秀全下令将韦昌辉凌迟处死，将其肉割成二寸长的条条，悬挂在城中各栅之上，写着"北奸肉，只准看，不准取。"并将韦昌辉的头颅割下，送给已逃至宁国的石达开验视，以安慰石达开，并表示驱邪扶正之意。
韦昌辉在天京事变中被杀的原因，一个是滥杀无辜，树敌太多；一个是他政治野心膨胀，想效仿东王杨秀清，直接威胁到天王洪秀全的权威；还一个原因就是代洪秀全受过，成为天京事变的"替罪羊"。
