最后王敦直接占领了素有"东吴第一军事要塞"之称的石头城（今南京市鼓楼区清凉山），顿时建康大乱，司马睿这边的士兵死的死，跑的跑，司马睿自知大势已去，当场向王敦求和，并且承诺让王敦当丞相，这才平息了这场战争。故而在接下来的日子里，琅琊王氏再度掌权，并且在朝廷安插了大量自己人，司马睿积郁成疾，第二年就病逝了，儿子司马绍登基。
比起司马睿，儿子司马绍要沉着冷静的多，他刚刚上位之时，王敦便准备直接篡位，司马绍立刻找到东晋重臣郗鉴，让他担任兖州刺史，镇守合肥，而王敦向来便忌惮郗鉴，于是篡位之事只能暂且作罢。
也不知道是不是老天助司马氏，此时王敦恰好病了，并且越来越严重，一时之间，昔日看不惯他的人都站了出来，准备讨伐王敦，王敦收到消息后虽愤怒，却因为病重无可奈何，只能派儿子先一步去作战，但他们的军事才能哪里比得上王敦，于是以惨败告终。
