萧朝贵对于杨秀清的地位，实际上也是有觊觎的，只不过在对外上，他们也必须要保持团结，毕竟他们两人本人都是势单力薄，不团结很难站住脚，所以这两人是一对"互相合作也互相斗争"的矛盾关系。当然，他手段有限，始终没能成功超越杨秀清。
他们之间的矛盾，实际上也是相当危险的。
而且，1850年中，杨秀清病重，萧朝贵掌主动权达数月，在杨秀清的配合下，太平天国后来的权力结构--军师主政（即天王洪秀全和南王冯云山被事实虚化）局面形成，形成神权和事权的二元化，但这个桃子后来却落到了杨秀清手里，后来证明，这无疑是非常糟糕的。
然而，萧朝贵的手段并不如杨秀清，在神权上也矮上好几分（毕竟他是天兄，人家杨秀清是天父），在杨秀清复出后，萧朝贵事实上被打压了，再次沦为配角。
