遗憾终老
崇祯十六年（1643年），张献忠攻陷武昌，处死楚王朱华奎，率兵再次进犯四川，秦良玉建议巡抚陈士奇派兵守十三个关隘，但陈士奇不用，秦良玉又找巡按刘之勃，刘之勃同意秦良玉的计策，但是却无兵可派。
崇祯十七年（1644年），张献忠领大军再次进犯夔州，秦良玉率军前往救援，但寡不敌众，被击溃。张献忠攻下成都后，秦良玉对部下说："我兄弟二人都战死沙场，我一个妇人，受国恩二十年。到现在这种地步，也敢与贼势不两立！"于是秦良玉分兵守卫石砫境，张献忠到处招降四川土司，却不敢来石砫。
隆武二年（清顺治三年，1646年），张献忠与清军作战，兵败身死，而明朝也已被李自成所灭，秦良玉于不久后的永历二年（清顺治五年，1648年）寿终而死。
