崇祯十三年（1640年），张献忠联合罗汝才再次造反，罗汝才率兵攻打夔州。秦良玉率军前往，罗汝才不战而走，秦良玉追至马家寨，大破罗汝才，斩首六百级，秦良玉又率军追击，先后在谭家坪北山、仙寺岭大破敌兵，将其首领东山虎斩杀，活捉塌天，并夺取了罗汝才的帅旗，罗汝才军逐渐走向衰落。
同年，
杨嗣昌
自请为督师入川剿贼。四川巡抚邵捷春领二万兵马守重庆，所倚重的将领只有张令和秦良玉，但邵捷春不争山夺险，就在重庆附近设防，派遣张令守黄泥洼。秦良玉深刻指出这种布防的弊端，但邵捷春已经移营至大昌，秦良玉乃向已经辞官的绵州知州陆逊之感叹，以与邵捷春一同战死为耻。
十月，张献忠先后与观音岩、三黄岭大破官军，随后从上马渡进军，秦良玉与张令急率军于竹箘坪阻击。但不久张令战死，秦良玉也随即战败。秦良玉于是去见邵捷春，建议发二万吾溪峒卒用来击破贼军，但邵捷春不用。
