战争打得异常艰苦，以统帅的更替可以分为三个阶段。
第一阶段从元和九年十月到元和十年九月。这一阶段主帅是严绶，他的指挥能力一般，在兵力占优的情势下，他采用消极防守的策略。只有李光颜和柳公绰在局部取得了一定胜利。
成德节度使王承宗和淄青节度使李师道请求赦免吴元济被拒绝后，两人采取各种手段破坏朝廷征讨淮西的活动。
元和十年四月，李师道派人放火烧毁朝廷在河阴地区的粮仓。元和十年六月三日，李师道派人将主战的宰相武元衡刺杀，另一位主战的大臣裴度也被刺客袭击，受了重伤。
李师道企图通过这些暴力活动恐吓唐宪宗，让他知难而退，但是唐宪宗却毫不退缩，继续讨伐淮西。
第二阶段从元和十年九月到十二年七月。这一阶段主帅为宣武节度使韩弘。
这一阶段，唐军在北面战场攻克郾城，迫使淮西军抽调兵力前往北线，为之后在西面战场的李愬“雪夜下蔡州”创造了条件。
在西面战场，高霞寓率领的唐军在铁城遭遇惨败，唐军全军覆没。朝廷要求罢兵的呼声高涨。
唐宪宗仍然坚定不移：“兵食不足者助之耳，岂得以一将失利，遂以罢兵乎”？
元和十一年，李愬出任邓唐随三州节度使，负责指挥西面战场，李愬的上任使西线战场取得较大进展。
第三个阶段从元和十二年七月到战争结束。这一阶段，唐宪宗果断任命裴度为主帅，裴度到任后，废除监军使，军队指挥权完全归将领。
元和十二年十月八日，李愬向裴度汇报奇袭蔡州的计划，得到裴度的批准和支持。
十月十五日，李愬带领九千人马，突袭蔡州。当晚大雪纷飞，给大军的行进带来极大的困难，但是也增加了突袭的成功性。
为了保密，李愬没有告诉将士们此行的目的地，直到东行六十里来到张柴村，这里距离蔡州已经很近，此时李愬才说出这次的目的地是蔡州。
将士们都以为这次有去无回，但是迫于军令不得不继续前行。
