但学生得有学可上。马相伯只得联系著名思想家、翻译家严复和诸多好友积极呼号，筹措资金，率领失学学生，于当年9月13日在吴淞创办了另一所大学——复旦公学，取意“复我震旦”。
马相伯当仁不让，成为复旦大学第一任校长。就任后，他先后延请于右任、邵力子等当时学界翘楚任教，因此当时的名士也乐于在复旦教书，全国各地的优秀学子也以在复旦学习为荣。
在某次学生的毕业典礼上，马相伯曾经对毕业说过这样两句话：“读书不忘救国，救国不忘读书。”张之洞听到这两句话后，将此语引为名言，赞誉他为“中国第一位演说家。”后来，这句话被继任校长反复阐述，由此形成了复旦精神——“团结、服务、牺牲”。
这座学校完全由当时各省的官绅捐资，故耶稣会对其教务无法插手，马相伯的治学抱负得以在此实施。之后，1908年（光绪三十四年），由耶稣会接收的震旦大学拟迁址卢家湾，马相伯捐赠现银、地基共计14余万元，购置田地建造新校舍，以德报怨的君子作风可见一斑。
三、乱世之狗
马相伯先生之所以自嘲为“狗”，一是到处辗转办学传道授业，另一方面跟他为民族救亡运动呼号奔走有关。如果仅仅是“毁家兴教”这一项，马相伯或许只是一名近代著名教育家。他之所以成为一种象征，更重要的是他年近百岁，仍频繁奔走于抗日广播和民主集会之中。
