在这里，马相伯遨游于知识的海洋，先后研习各种语言学。他天资聪颖，又勤学好问，颇得老师和同学的喜爱，各门功课也突飞猛进。随后，22岁的马相伯成为首批11名见习修士之一，之后又获得神学博士，并晋升为神父。
由于太平天国战乱波及到镇江，作为天主教徒，是太平军“革命”的对象。所以马家在小儿子马相伯来到上海不久，也顺势举家搬到了上海。机缘巧合，马相伯的大哥马建勋成为了李鸿章淮军粮台。马建勋为人机灵活络，颇有才干，深得李鸿章的器重。没过几年，马家竟一跃成为上海滩的名门望族。
二、颠沛流离
正当马家的事业蒸蒸日上的时候，马相伯却和耶稣会发生了数次冲突。
马相伯在徐州传教期间，见当地灾民遍地。作为一个有良心的中国人，他将其兄马建勋捐给教会的捐款救济了灾民。这本是人人称赞的善举，却违背了耶稣会的教义，导致耶稣会高层震怒，将马相伯暂时扣押。还好马建勋领兵前来，马相伯才逃得此厄。但是此时，他与耶稣会之间的关系已经出现了裂隙。
之后，由于理念不合，马相伯和耶稣会又出现了两次冲突。
