不过，这个事情最终在众臣的议论以及皇帝的袒护和包庇中得到了处理结果：吕坤和戴士衡两个人都被治罪，不过，这件事情的始作郑贵妃却没有受到任何影响。虽然，郑贵妃被保住了，但是，迫于众臣的压力，明神宗最后还是将皇长子立为了太子。就这样，第一次妖书案落下帷幕。
但是，在万历三十一年，内阁的朱赓在自己的家门口发现了《续忧危竑议》一文：
“或有问于郑福成曰：今天下太平，国本已固，无复可忧，无复可虑矣。而先生常不豫何也？郑福成曰：是何言哉？今之事势，正贾生所谓厝火积薪之时也。
或曰：亦太甚矣，先生之言也！得无谓储宫有未安乎？曰：然。夫东宫有东宫之官，一官不备何以称乎？皇上迫于沈相公之请，不得已立之，而从官不备，正所以寓他日改易之意也。
......”
不久，这篇文章在整个京城快速流传开来，引起了百姓和大臣们的纷纷议论，这便是第二次妖书案。最后，经过朝廷严格的调查和审问，有人揭发文章的作者是皦生光。后来，皦生光作为案件的主谋被杀，本次妖书案也就此结束。
这里，我们再来讨论一下妖书案的主谋。
妖书案一共发生了两次，之所以引起众臣和百姓们的关注，主要在于这件事情牵扯到了立储之事。而说到案件的主谋，第一次妖书案，很多人认为其主使人应该是郑贵妃。因为，当初吕坤出版《闺范图说》的初衷，应该是告诫天下女性要守礼守节，而郑贵妃则是希望通过这本书来宣扬自己的贤良美德，从而，提升二皇子的口碑和地位，所以，她才编写了另一版《闺范图说》。
