但是，令其没有想到的是，朝堂之上竟然有那么多人厌恶她，甚至，还有人写了一篇《忧危竑议》将自己的如意算盘彻底打破。在该文当中，作者将郑贵妃以及其家族改写书籍，暗藏私心，争夺皇位的心思和盘托出，引起了百姓和众臣们的关注，这样让原本就不怎么安稳的明朝变得更加动荡不安。而引发这个不安的真正原因，其实，就是明神宗在太子之位上的悬而未决，以及郑氏家族对于皇位的觊觎。
但是，这一点，明神宗却没有意识到，只是诛杀了事情的揭发者和著书者，对郑贵妃却没有进行半点处罚和责怪。而从相关的既得利益来看，妖书案的主谋其实不应该是郑贵妃，因为，正是这个案子，才让她的儿子再也无法登上皇位，这与郑贵妃的本意相距甚远。不过，虽然大皇子因为该案的发生，得到了太子之位，但是，如果说妖书案是他和恭妃所为，显然也不太可能，因为，他们母子在皇宫内没有什么背景，更得不到皇帝的青睐，因此，他们没有凶风作浪的实力。
至于第二次妖书案，它的真正的主谋目前不得而知。虽然，皦生光被作为《续忧危竑议》一文的作者被处斩了，但是，实际上在皦生光死后一直有传言，说该文的作者其实另有其人。所以，直到现在，妖书案的真正主谋也不得而知，所有都是人们的猜测而已。
