受极左思潮的影响，在“以阶级斗争为纲”的时代，缅怀、纪念国民党屠杀的革命先烈成为热潮，日本战犯来南京都被组织去雨花台默哀，中国人还去日本反战反美、纪念原子弹轰炸死难者，却没有人去祭奠南京大屠杀同胞。文革时，红卫兵说南京大屠杀是“杀国民党”，南京大屠杀遗址毁坏殆尽。在学术界，研究南京大屠杀还是一个禁区。尽管如此，还是有人站了出来。
南京大学历史系老师高兴祖是新中国期间对于南京大屠杀研究第一人。1960年，高兴祖等4位南京大学老师带着7名学生在南京大学及周边的人群中进行调查。1962年，高兴祖完成了书稿《日本帝国主义在南京的大屠杀》，这也是新中国研究南京大屠杀最早的书稿，但是直到1979年3月，才从油印本变成了白皮书，是内部出版物。这时，中国学术界从故纸堆里发现了即将被彻底遗忘的南京大屠杀，当年中学历史课本中，首次记载南京大屠杀。
1982年，在日本篡改教科书的刺激下，中国学者在申报科研课题时正式提出了对南京大屠杀进行研究。1983年，第一次提出了修建南京大屠杀遇难同胞纪念馆。1984年开始筹建，距离新中国成立35年时间。1985年抗战胜利40周年，南京大屠杀遇难同胞纪念馆建成开馆，爱国主义教育焦点告别了雨花台。南京大屠杀纪念馆馆长朱成山带有深意地说：“没有日本否定历史，还没有南京大屠杀纪念馆!”
初期的南京大屠杀研究，夹杂了太多的民族情感，导致研究还不是很严谨。学者张连红、王卫星等认为，揭批、声讨日军暴行是低端的大屠杀研究，告诉给民众的也是一个不全面的历史。
