第一次，隆庆元年时冯保正担任提督东厂太监，按理说应该接任掌印太监，可高拱却推荐了陈洪。
第二次，陈洪被罢职后，高拱还是不推荐冯保接任，反而推荐了尚膳监的孟冲补缺。
冯保气得脸都歪了，高拱宁愿选择厨子也不选择他，恨得牙根都痒痒。可能有人会质疑，管理太监的不应该是皇帝本人嘛，但在朱载垕面前，这位高拱高老师就是如此有地位。
1572年，明穆宗朱载垕驾崩，太子朱翊钧登基继位，史称明神宗，也就是那个大名鼎鼎的万历皇帝。而此时，伴随朱翊钧长大的"大伴"冯保终于得势了，他深受小万历和李太后的宠信。
最关键的是，此刻冯保已经和张居正秘密结盟，而高拱却毫不知情。豪横惯了的高拱，依然在小皇帝面前我行我素，甚至还敢当着张居正的面说"十岁太子如何治国"的大不敬之言。
很快，这句话就由张居正告知了冯保，并由他添油加醋后汇报给了这对孤儿寡母。据《明史·高拱传》记载:
拱使人报居正，居正阳诺之，而私以语保。保诉于太后，谓拱擅权，不可容。太后颔之。
第二天，高拱像往常一样参加朝会，可在会极门外就被冯保拦住，当场向他宣读了一道懿旨:
大学士高拱专权擅政，竟不许皇帝主专，我母子惊惧不宁。令高拱回籍闲住，不准停留！
曾经不可一世的高拱就这样被张居正和冯保联合算计了，灰溜溜的打包回乡了。气急败坏之下，高拱没过两年就在家去世了，享年六十六岁。张廷玉在《明史》中这样评价：
高拱才略自许，负气凌人。倾辄相寻，有自来已。
所以，在嘉靖45年到万历元年的内阁中，因为有了高拱，而变得不太平。但是大明帝国因为有了高拱，而开始变得太平。从人品而言，徐阶、张居正和冯保与高拱相差甚远。但是党争政治中，只有赢家和输家，没有好人于坏人！
在明穆宗病危时，他趁着自己还有意识就将自己年幼的孩子托付给高拱和张居正等人。他还握着高拱的手，对他说"以天下累先生"。从这一点可以看出，朱载垕其实将国家和孩子托付主要托付给了高拱。但是高拱却在仅仅做了7天的托孤大臣后就被贵妃和太后等人联合下旨贬为庶人。这样大的反差让人不禁感到好奇。
