"建立一个为穷人服务的教会"
从当选教皇那一刻起，方济各便从系列改革、公开言行、生活方式等多方面表明自己的与众不同。
与枢机主教们会面时，他并未端坐于教皇宝座，而是站立与他们交谈。他拒绝搭乘教皇专车，而是与其他枢机主教共乘大巴车返回住所--方济各是继庇护十世（1914年去世）后第一位没有入住正式官邸宗座宫的教皇，而是住在类似招待所性质的圣玛尔大之家的两居室里。
方济各也拒绝前任们所穿的红色豪华"渔夫鞋"，而保留了自己一贯的朴素黑鞋，戴着20美元的塑料手表。他在第一次会见记者时说："我多么希望建立一个贫穷的、为穷人服务的教会。"
2019年3月，方济各访问阿联酋。他也是访问阿拉伯半岛的第一位罗马教皇。
他通过广泛的改革措施和在公共舆论中持续发声，加深了自己在外界眼中进步、开明的形象。他于2022年3月颁布了教廷宪章《福音传播》，正式启动教廷机构改革，不仅为臃肿的机构"瘦身"，还确立了"传教高于教义"的重大原则调整，并允许普通教徒（包括女性）在梵蒂冈担任机构要职。在他任内，女性担任高级职务的人数比以往任何一位教皇都多。
与之相对的是进一步的财务透明和反腐措施。2014年教廷成立经济秘书处，监督教廷和梵蒂冈的所有经济活动，定期向教皇提交审计报告。梵蒂冈银行超过5000个存疑账户遭到清理，还设立外部审计机构，并加入了欧洲理事会评估反洗钱措施特设专家委员会。
2023年底，方济各的前顾问、意大利籍枢机主教安杰洛·贝丘（Angelo Becciu）因挪用公款、滥用职权等财务犯罪行为被梵蒂冈法庭判处五年半监禁，成为有史以来遭受处罚的级别最高的神职人员，表明方济各领导的教廷对打击腐败和财务犯罪问题"上不封顶"的态度。
面对性侵、虐待儿童等焦点问题，方济各上任后不久便建立由九位枢机组成的C9委员会，监察教会运作情况，并建立保护未成年人专门委员会，旨在解决教会内部的性侵问题。
2018年，教廷驻美国大使卡洛·玛利亚·维加诺总主教以11页的公开信施压教廷。对此，方济各2019年颁布、2023年修订《你们是世界的光》（Vos Estis Lux Mundi）手谕，为打击性侵、暴力、滥权行为制定了新的法律框架，确立了主教问责制，建立教会系统的义务举报机制，保护未成年人和弱势群体的权利。
在涉及性少数群体（LGBTQ+）的问题上，方济各也屡次释放开放态度，如2013年关于同性恋神父的反问"我有什么资格评判"，令同性伴侣和自由主义者感到振奋。对于将同性恋有罪化、刑事化的现象，方济各强烈反对，认为针对性少数群体的法律是"不正义的"。
2023年12月，教廷发布《恳求的信赖》（Fiducia Supplicans）声明，允许神父有条件地为同性伴侣举行祝福仪式（即不涉及民事结合或婚礼，不属于天主教正规教会仪式）。在方济各时代，性少数天主教徒群体认为自己的能见度和受尊重程度均获得提升。
