在日本宣布投降到正式接收的七十天里，台湾民众对国民政府来的人期待非常高。但期待越高，失望可能越大。当时，大陆已陷入国共武装冲突，国民党要把精兵强将要留在大陆作战，不可能把最精锐的部队派到台湾，只能派一些比较边缘的杂牌部队过去负责接收。
虽然日本殖民统治残暴，但在日常维持秩序方面，并非毫无章法，相比之下看起来井井有条、军容较为整齐。而当大陆这边国民政府军队和接收人员陆续赴台以后，台湾民众发现他们的形象和作风并没有想象中那么好，甚至还将一些陋习带到台湾，比如侵犯民众利益、占小便宜等等。
举个例子，过去台湾人和许多大陆农民一样不吃耕牛，因为牛是重要的农业生产动力，老百姓非常爱惜；但大陆赴台的一些国民党官员要吃牛肉，于是有商贩偷偷杀牛卖给他们，这些行为就影响了台湾民众对国民政府的印象。再比如，大家都听说过的"二二八事件"，其导火索与烟草专卖、查缉私烟有关，这些政策也对台湾民众有很深的伤害。
这类事件就不再只是观念上"回归祖国"的问题，而是实质侵害了民众的利益。在此情况下，台湾对大陆接收人员--具体而言是对国民党接收人员--印象迅速恶化，心理上出现了较大转弯。有一部分主张分离的人，也是在这个过程中出现的。比如后来到日本活动的廖文毅，在"二二八"以前曾热烈参与祖国化运动，但受到国民政府接收失当和"二二八"政治冲突的刺激后，他转而走向分离主义。再加上日本、美国等外部力量在背后发挥作用，分离主义思潮就慢慢延续下来。
当然，最初分离主义力量并不大，在岛内基本没什么影响，主要是在海外活动。但是，台湾民众的心理确实从这一时期开始发生变化。
在这种背景下，大陆学者在台湾开展的文化重建和祖国化工作，有的很成功，有的不太理想，甚至比较失败。因为涉及到民众对不同文化内容的接受度。
整体上比较成功的一个例子是国语运动。台湾普通话的普及很早，也较为成功。台湾大学的改造，以及高等、中等和初等学校的建设，也取得了很大成绩。
台湾大学的接收和重建，可以说是两批学人接力完成的。台湾大学的前身是日本殖民统治时期设立的台北帝国大学，目的主要是实用需要：一是开发台湾产业，二是服务日本向"南洋"扩张的殖民战略，所以学校专业设置具有很强的工具性和实用性。
负责接收台湾大学的第一位学人是国民政府中央研究院生物学家罗宗洛，担任台湾大学代理校长，维持学校的基本运转。
罗宗洛在接收时便指出，台湾大学不能只为开发台湾产业服务，还要成为中国研究学术的中心，像北京大学、清华大学、武汉大学、中央大学一样，成为中国真正的综合性国立大学；同时也要走向世界，成为世界学术殿堂。
这个目标既有民族性，也有现代性。可惜罗宗洛与陈仪的关系不太好。陈仪原本想邀请自己的好友许寿裳担任台湾大学校长，但国民政府教育部却派出了罗宗洛，双方之间就产生矛盾。再加上当时台湾实行与大陆不同的货币制度，教育部给学校的拨款是法币，要兑换成台币就需要台湾省行政长官公署配合，但陈仪方面对此拒不配合，最终导致罗宗洛彻底改造台大的目标没有完全实现。
罗宗洛
后来等到傅斯年出任台湾大学校长，才比较完整地实现了这一目标。他把台湾大学真正改造成了一所中国的国立大学，也使它逐渐成为东亚地区具有影响力的学术殿堂。
这是祖国化与现代化结合得比较好的例子。但另外有些工作做得不太好，尤其是国民党后来推动的中华文化复兴运动，很多台湾人把它当笑话看，并不在意。
反而是民间的一些思想文化活动，比较容易得到台湾本土知识分子的配合。第一批赴台学人中，有些左翼知识分子宣传鲁迅，推动"进化、互助、为大众"的文化方针，实质上是在传播社会主义文化，只是没有直接使用"社会主义"这个词。这些内容对台湾社会产生了影响，台湾本省知识分子也愿意吸收接受。
第二批赴台学人中，自由主义知识分子的文化活动也得到台湾本省精英的响应。比如发起创办《自由中国》杂志的知识分子与台湾本土政治、文化精英结合，试图成立"中国民主党"。对此国民党很紧张。知识分子单独办刊物，它也许不太害怕，所谓"秀才造反，十年不成"；但知识分子一旦和台湾本土社会结合起来，国民党就感到了危机，迅速进行镇压，并借故将组党活跃分子、《自由中国》发行人雷震等人投入监狱，判处重刑。
此外，像新儒家在台湾也有很多弟子。总体上，台湾社会对于大陆赴台学人带来的民间思想资源，包括社会主义、自由主义和新儒家等五四以来从民间发展出的新思想，还是愿意接纳的，比较抵制的主要是官方主导的文化。
这就是"祖国化"和"现代化"出现落差的一个具体表现。有些方面结合得比较好，有些方面则结合得不好。而结合不好的一个重要原因，就是国民党官方打击民间思想。
后来，随着国民党推进本土化，也随着台湾社会发生世代交替，本土知识分子逐渐成为主流。他们吸收这些民间思想资源，并将其作为对抗国民党的武器，党外运动也由此兴起。
过去，单纯由大陆赴台知识分子宣传这些思想，国民党并不十分在意，他们可以轻易查禁刊物、封锁传播，甚至将核心人士投入监狱。但当台湾本土知识分子把这些思想拿来作为思想武器发动街头群众运动时，就产生了很难收拾的力量。党外运动兴起后，国民党逐渐失去了过去那种强势，开始由主动转入被动。
