后世史家经过考证后，认为当时的秦琼，应该是负责守家的任务。因为秦琼经过多年的拼杀，本就身上有伤。就算去玄武门那边，也帮不上太大的忙。而且，他又是李世民极为信任的人。所以李世民当时将他派在城门那边，如果玄武门事变失败的话，将会给秦王府的人留一条通道，逃离京城。
李世民登基之后，虽然仍有多次大战。但秦琼因为伤病原因，已经难以再冲杀在第一线，所以后来就再没有什么拿得出手的战绩。不过，这并不意味着，李世民就忘了他的功劳。贞观十二年，秦琼病死，死后被葬在了昭陵，也被追加了胡国公，之后画像被挂入了凌烟阁，尽享哀荣。虽然在凌烟阁中敬陪末座，但这并不意味着秦琼不重要。只是相比前面的那些功臣，秦琼的贡献相对要小一些而已。
总得来说，对于秦琼这位猛将，李世民登基之后，还是极力善待的。
