在这个过程当中，秦琼发挥了极大的作用。他一直率领着自己麾下的精锐，冲在最前线，给唐军起到了极大的带头作用。
虎牢关这一战，成了唐朝统一天下最关键的一战。这一战打赢之后，唐朝统一天下之势，已经势不可挡。在这其中，秦琼应该算是发挥了很大作用的。
不过，在打败刘黑闼之后，随着唐朝彻底统一天下，李世民和太子李建成之间的矛盾，开始越来越深。秦琼作为李世民的手下，自然坚定站在李世民这一边。可惜的是，朝堂斗争和战场杀敌不同，靠的不是个人勇武。所以在这个阶段，秦琼发挥的力量，就相对有限了。
后来，到了武德九年，玄武门事变爆发。在史书记载当中，有一个很有意思的现象，那就是《新唐书》和《旧唐书》的记载不同。旧唐书当中，记载的参加玄武门事变的名单，有秦琼的名字，但是新唐书当中则没有。
