不过，李密在胜利之后变得骄傲，对王世充放松了警惕。而且在经过之前的大战后，瓦岗军自己也损失惨重。所以后来，当王世充突然发动进攻，李密惨败。后来为了逃命，李密不得不仓皇逃到了西安，去投奔李渊。而秦琼因为走投无路的原因，不得不委身于王世充，在其帐下当上了将军。
但是秦琼对王世充的为人并不认同，认为王世充这个人，做人实在是太差劲了。于是后来在王世充与李唐军队对峙阵前，秦琼选择了临阵倒戈，和程咬金一起投降了李唐。归唐之后，李渊将秦琼安排在秦王府，秦琼就以这样的方式与李世民见了面，最终成为了李世民的左膀右臂。
戎马半生之后，秦琼才终于到了李世民麾下，成了李世民麾下最得力的将军。
