加入李世民麾下之后，秦琼成了李世民麾下，最为得力的先锋。李世民麾下有一支最为精锐的玄甲军，总数大概在三千人左右。这支精兵，后来成了李世民横扫天下的王牌。秦琼加入后，就被李世民委派，作为玄甲军当中的四位统领之一，负责在战场上进行先锋突击。
毫无疑问，这个工作，只有真正的顶级猛将，才能完成。
往后的岁月里，秦琼为李世民立下了汗马功劳，其中包括了打败宋金刚、窦建德、刘黑闼等人。尤其是在和窦建德对战期间，当时李世民手里只有数千精锐，却要在虎牢关挡下窦建德的十几万大军。在这场战斗当中，李世民将自己的战争才华发挥到了极致。先是凭借虎牢关的天险，让窦建德的大军，无法越过虎牢关半步。然后又用出一系列手段，让窦建德麻痹大意。最后等到窦建德大军彻底大意之后，率领三千精锐，冲出虎牢关，直接冲击窦建德的帅帐。
三千精锐，冲击十几万大军的大营，这种事情，怎么看都觉得夸张。但是结果，李世民却偏偏依靠唐军精良的装备、士兵的强大作战能力，完成了这一壮举。于十几万大军当中，活捉了窦建德。
