程学启到淮军后打仗积极，备受李鸿章推崇，也因此和苏州杀降有了很大关联。程学启亲自带兵动手杀死了郜永宽等人，他的部下抢劫前战友又比较积极，因此得到了李鸿章的嘲讽。事后为了撇清责任，李鸿章等人也有意把屠杀分到了程学启身上，程学启似乎成了杀俘事件的幕后黑手。这是李鸿章等人甩锅的结果，主动忽悠郜永宽的人是当过盐枭的淮军将领郑国魁，他混太平军时认识郜永宽，又让同为太平军出身的程学启出来结拜，让洋绅士戈登当保人，这才促成了太平军守军的投降。淮军中主动激发矛盾的人淮军"华"字营的吴毓芬，12月4日"华"字营士兵抢走了郜永宽家中的紫檀床，激发了降兵和淮军的矛盾，太平军降兵就想投靠常胜军。李鸿章因此下定决心血洗降军，而他的部下中程学启最有战斗力，因此被赋予了重任。李鸿章在给老娘写信时就承认这事是他力主做下的，李鸿章也上报了长辈曾国藩，曾国藩也认为李鸿章这事干得漂亮，"最快人意""殊为眼明手辣"。程学启杀人后还心有余悸，恍恍惚惚。戈登也不认为程学启是真凶，一个劲找李鸿章拼命（两人不过是拌嘴而已），李鸿章等人也知道苏州杀降名声不好，因此就把事情把湘军、淮军两头跑的程学启身上甩。
因为程学启的部队是曾国藩借给李鸿章的，因此当九弟曾国荃被太平军近20倍的兵力包围时，曾国藩急了眼又要程学启一起到天京城下救助。曾国荃可不要别人抢功，声称程学启的部下军机比太平军差十倍，非常害人。曾国荃貌似也有主动将救助天京城跑路居民的高光举动，看起来似乎比程学启好得多。其实曾家人只是不喜欢亲自动手抢钱，杀人这事他们很在行，不光曾国藩有"剃（人）头"的本事，曾国荃也不差。在安庆之战时曾国荃就把8000多太平军降兵分成上千个小队，依次屠杀干净。天京城破时，曾国荃在赵列文的四条建议中唯独拒绝了"禁止滥杀"（四条建议是禁止滥杀、安顿妇女、设立善后局和禁止米麦出城），老赵追着要他签署时，曾大人又恰好病重，一睡就是好几天，几天后南京基本上就没活着的居民了。
程学启军纪不好，坏事干得也不少，但他的毛病就是杀人没魄力，杀人时还没法甩锅。像李鸿章动不动就在屠杀前溜号，曾国荃也会技术性病倒这些技术他都不会（也没条件），就只能给大人物们当夜壶了。
