如此庞大的加盟体系，需要总部强有力的监督和管理，才能保证产品质量和服务品质，而百果园近年来快速扩张，加剧了加盟管理的压力。
上海消保委在点名百果园时也指出了快速扩张的隐忧。上海消保委表示，品牌不能一味追求扩张速度，而疏于对加盟店的管理和监督。消费者依法享有知情权，门店是否属于加盟店是涉及商品与服务质量的重要信息，品牌方有义务向消费者明示。
在百果园特许经营业务模式下，加盟商是门店运营的最终决策者，其独立管理业务，自行负责门店的日常运营。尽管对加盟店有监督职责，但百果园对加盟商的监督约束力度并不强。
为开拓新区域市场，百果园还有一定数量的加盟商并非由总部管理，而是由区域代理选择和监察管理。2019-2021年，百果园分别和12家、14家、13家区域代理签订合同，委托管理的门店数为602家、856家、980家。
此次被曝出问题的门店的店员曾提及，百果园总部规定不允许售卖切开的隔夜瓜，抓到会罚款500-1000元不等，但只需要把没卖出的瓜藏起来，不被区域负责人发现就可以接着售卖，"下次去总部培训时，有人问起此事就说没有卖过隔夜瓜。"
媒体暗访视频截图
值得注意的是，加盟店"顶风作案"背后，有盈利压力大的缘故。由于强调高品质和新鲜，百果园的水果货损率大，加盟商需要承担的损耗成本大，加之百果园是从门店的毛利额中收取特许经营资源使用费，不少加盟商处于亏损状态。
据豹变报道，有加盟商出现日营业额数万、却损耗几千的情况。部分有区域代理的地区还会出现压货情况，区域经理强制要求次级加盟商订货，卖不完的货需要加盟商自行承担损失，让盈利难上加上。
加盟模式的连锁品牌普遍都会存在管理难题，不同的是，百果园进入了一个怪圈：为打造品牌，百果园严格控制品质，不惜增加损耗成本，却导致了加盟商盈利难；加盟商为追逐利益，对总部的品质要求熟视无睹，违规操作，直接伤害了品牌调性和客户信任度。
增收不增利，水果采购成本过高拖累毛利率
百果园的困局不仅有加盟管理问题，从招股书披露的财务数据来看，百果园部分加盟商盈利困难的同时，总部也难赚钱。
