元世祖一听，这还得了？因而他马上就把恭帝迁到了上都，然后杀害了已关押了四年的南宋宰相文天祥。次年他又把降元的宋朝官员全部迁往内地，以免除后顾之忧。
至元二十五年（1288），恭帝已经19岁了，元朝的统治也逐渐巩固下来。这年冬天，元世祖赐给恭帝大量钱财，并将他送到了吐蕃(今西藏地区)学佛。 恭帝到西藏后，入住萨迦大寺，并改名为合尊法宝，还学会了藏语。
恭帝聪颖灵慧，他钻研佛经，还当上了萨迦大寺的主持。按理说，恭帝此时既已入佛，早已心无杂念，潜心修炼了。可是到元英宗至治三年（1323）时，恭帝却突然被赐死在河西。
恭帝之死，源于他无意间所写的一首诗:''寄语林和靖，梅花几度开?黄金台下客，应是不归来。''诗中所说的黄金台指的是战国时燕昭王在大都朝阳门附近筑的土台。燕昭王在台上放黄金，以招揽天下贤士。林和靖则是北宋著名的钱塘高士，一生孤傲，以梅为友。就是这首诗，让恭帝被元英宗以煽动天下人心的罪名处死了。
其实元英宗杀恭帝也算是历朝历代的惯例。恭帝死了，天下宋人的心也就死了。恭帝不死，宋朝遗民总会在心中留有念想。所以为了维护自己的统治，元英宗只能处死恭帝了。
