建文二年，朱棣攻打济南，济南守将盛庸的铁血防守，让朱棣寸步难进，朱棣在攻城期间，一度陷入盛庸的炮火包围，大将张玉在此战中壮烈牺牲，朱能本来已经率领小队人马杀出重围，看到朱棣没有出来，又调转马头杀到炮火之中，冒死带着受伤的朱棣从侧翼冲了出来。《明史》曰：
事急，（朱）能帅殊死斗，翼成祖溃围出。
这一战，朱棣损失了张玉，还差点丢了性命，多亏了朱能舍命相救，否则，靖难之役从此便结束了。
建文四年，朱棣再度率兵南下，连战连捷，但在淝河之战中，被南军名将平安成功阻击，北军大将王真战败自杀。众人都劝朱棣退兵休整，唯有朱能拔剑霸气说道："当年汉高祖十战九败，最后还能取得天下，如今我们连战连胜，岂能因败这一场便退兵。"
