孔融看到曹操奸雄本色渐渐显露，所以说话更加偏激。他上奏认为应当遵照古时京都的体制，千里以内，不得分封诸侯。当时曹操想要自封魏公，于是对孔融的猜忌更加严重。但是因为孔融名满天下，宾客众多，表面上装着容忍，暗中却一直想要除掉这个隐患。郗虑揣摩到了曹操的想法，以蔑视国法为弹劾孔融。曹操积满了一肚子的猜疑忌妒，加上郗虑的诬陷，于是指使祭酒路粹奏孔融以"欲图不轨"、"诽谤朝廷"等罪名处死，并株连全家。
孔融死后，孔融的儿子说道，"岂见覆巢之下，安有完卵乎？"果然，曹操下定决心斩草除根，孔融的两个儿子也没能逃过被杀。而这句话也流传至今成了经典名句，人们通常用它来比喻整体受难，其中的个体也没有办法独自保全。
孔融的一生正印证了《陆游家训》里的一句话："后生才锐者，最易坏事。若有之，父兄当以为忧，不可以为喜也。"
