只是对于慈禧来说，仅仅戊戌六君子喋血菜市口是完全不能平复她受伤的心，在她看来，她给了光绪天子之位，又"含辛茹苦"的将光绪拉扯大。而光绪居然会在康有为的挑唆下，对她这个亲爸爸下手，这是完全不能容忍的，这已经触犯了她的底线，慈禧便有了废除光绪之心。
1899年，慈禧以光绪有病为由，将溥儁立为大阿哥，准备让溥儁代替光绪，而且连年号都已经想好了：保庆。只是光绪因变法被软禁，现在又将失去皇位，恐怕连性命也难保，他的遭遇得到了西方列强的同情，列强们纷纷向慈禧表示，只承认光绪为大清唯一合法的皇帝，不接受所谓的大阿哥溥儁。慈禧恼羞成怒，因此开始扶持义和团灭洋，导致庚子拳乱，最终八国联军入侵，慈禧携光绪仓皇西逃。
在签订了耻辱性的《辛丑条约》后，慈禧得以回京。慈禧也从此不敢再废除光绪，但光绪的地位也无法改变，还只是个傀儡而已。本想立志中兴，却目睹了一次次国难，光绪的心情可想而知。因此，他郁郁寡欢，在宫中几乎不苟言笑。
1903年，裕庚的女儿裕德龄回国，因为她留过洋，精通外语，深得慈禧的喜爱，便留在宫里做翻译。也因此，裕德龄便与光绪有了交集，光绪虽在宫中很少说话，却很愿意向裕德龄请教英语的问题。时间久了，光绪还能向裕德龄了解一些外国的事情，裕德龄也算是少数几个能与光绪聊上天的人了。
