在生命中的最后一刻，他只有哀叹，叹自己壮志未酬身先死，叹自己忙碌一生竟于事无补。带着绝望的心情回到宫中后，他写下了遗命诏书，命成国公朱纯臣统领诸军和辅助太子朱慈良。然后，他命人招来了自己的嫔妃和儿女，匆匆嘱咐了儿子几句后，便命人将三个儿子送往了外戚家避难。看着身边哭成泪人的女人，他心中一酸，无奈地对周皇后说："你是国母，理应殉国。"周皇后也是个刚烈的女子，立刻解带自缢了。袁贵妃也哭着拜别，随皇后自缢而去了。接下来是十五岁的长公主，看着正值花季的女儿，崇祯帝流着泪说："你为什么要降生到帝王家来啊!"说完左袖遮脸，忍痛砍死了自己的女儿。
料理完后事，他本该主动殉国而死，可是他还是不甘心，求生的欲望刺激着他。于是，他换上便服，混在太监中，试图出城。可走到朝阳门，守门的人请天亮时验明再出。此计不成，他又派人到负责城守的戚国公朱纯臣家，结果朱家人说朱纯臣赴宴未归。崇祯帝又赶到安定门，门闸太沉重，无法打开。求生的路被彻底截断了。第二天天刚蒙蒙亮，起义军就浩浩荡荡地开进了北京城。得知这个消息后，崇祯帝彻底崩溃了，便卸下皇袍，在衣襟上愤然留下了这样的话："朕凉德藐躬，上干天咎，致逆贼直逼京师，皆诸臣误朕。朕死，无面目见祖宗，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂，无伤百姓一人。"然后与太监王承恩相对而缢。两天后，人们才发现这个僵死的国君。四月初，由大顺政权派人将崇祯帝与周皇后草草葬入昌平县田贵妃的墓穴（思陵）之中。可怜这个有中兴之志的年轻皇帝最终还是无奈做了亡国之君。
崇祯帝死后，清上庙号怀宗（后取消），南明弘光帝上庙号思宗，旋改毅宗，隆武帝上庙号威宗。清上谥号守道敬俭宽文襄武体仁致孝庄烈愍皇帝，南明弘光帝上谥号绍天绎道刚明恪俭揆文奋武敦仁懋孝烈皇帝。
