然而，东林党人往往不畏强权，他们多数都是一些中下级官员和知识分子，企图以儒家正统思想来挽救明朝，坚持为民请命，大胆弹劾朝中权贵，甚至敢于冒犯"龙颜"。所以，东林党人和其他一些权高位重的党派之间便出现了很深的矛盾，这斗争越来越激烈，夹在其中的崇祯帝最为苦恼，眼看着一大群臣子分庭对抗，却难寻能用之人。而且，文官集团的势力太强大，皇帝的权力就受到了很大限制，作什么决断都要召开讨论会，各党派之间往往意见不一，大大降低了行政效率。崇祯在位的十七年，除了镇压农民军以及抵抗后金外，很多心力都用于削弱文官集团的势力。
除了阉党之乱和朋党之争外，崇祯皇帝还面临着内忧外患的战争。明万历四十四（1616）年，明朝北方的满族人势力逐渐壮大，他们的首领努尔哈赤在赫图阿拉称汗，建立了后金政权，企图与明朝分庭抗礼，后来公然举旗反明。
面对这一来自北方的强敌，朝臣分为主战派和主和派。崇祯帝启用了主战派将领袁崇焕。此人虽然是文官出身，但却很熟悉兵法，而且有胆识，曾经让后金军队闻风丧胆。
天启六年（1626）正月十四日，后金兵渡辽河，二十三日，努尔哈赤御驾亲征率军攻打宁远。当时的努尔哈赤号称"自二十五岁起兵以来，征讨诸处，战无不捷，攻无不克"，但到了镇守宁远的袁崇焕面前，这一神话被打破了。
崇祯元年（1628）四月，崇祯帝任命袁崇焕为兵部尚书兼右副都御史，督师蓟、辽，兼督登、莱、天津军务。七月，崇祯帝召见了袁崇焕，面对这位年轻气盛的新君，袁崇焕慷慨陈词，计划以五年时间恢复辽东，并疏陈方略。这一番豪言壮语让崇祯帝信心大振，同时，袁崇焕由于之前的教训，出征之前就提出了自己的隐忧，怕再被权臣掣肘。崇祯帝为了打消袁崇焕的担忧，不惜赐给他尚方宝剑，由此可见他的决心。
