同治八年，在湖广总督的基础上，兼领湖北巡抚；同治九年，调任直隶总督兼领北洋通商事务大臣，成为京畿重地的政府一把手兼领外交部长。同治十二年，李鸿章正式进入朝廷权力中枢，由武英殿大学士调任文华殿大学士，品秩为正一品，行政级别为正国级。
基本相当于宰相的大学士，在清朝时期施行殿阁衔。乾隆皇帝创"三殿三阁"大学士制度，并沿用后世。根据地位高低和权力大小，"三殿三阁"制度的拼命原则为"殿大于阁"，实际排名为保和殿、文华殿、武英殿、文渊阁、体仁阁、东阁。自乾隆朝名臣富察·傅恒后，清朝再无保和殿大学士一说，也就是说李鸿章担任的文华殿大学士，就是当时朝廷的内阁首辅，朝廷实际上的当家人。
此时的李鸿章，相当于国务院总理兼领外交部长、北京市市长，权倾朝野，几乎无人能及。光绪十一年，李鸿章又任海军衙门会办并筹办北洋水师成军。也就是说，此时的李鸿章又成为大清国海军副司令、北洋水师总司令。
